文献解读 | Pirbase:一个完整的piRNA序列数据库
原标题：文献解读 | Pirbase:一个完整的piRNA序列数据库
论文：piRBase: a comprehensive database of piRNA sequences（Pirbase:一个完整的piRNA序列数据库）
Piwi相互作用RNA是一类在动物生殖细胞中表达最多的小RNA。大量的研究揭示了pRNAs在转座子和基因的表观遗传和转录后调控中的作用。为了收集和注释这些数据，我们开发了一个支持piRNA功能研究的数据库piRBase。
自2014年启动以来，piRBase已经整合了来自21个生物体的264套数据集，收集到的pRNAs数量已达到1.73亿。最新的pRBase版本(v2.0,2018)更侧重于对pRNA序列的全面注释，以及越来越多的piRNA。
此外，pRBaseV2.0也包含了pRNA靶点和疾病相关的pIRNA的潜在信息。PRBase中的所有数据集都可以免费访问，可在以下站点进行浏览、搜索和批量下载http://www.regulatoryrna.org/database/piRNA/.
数据收集和处理
PiRBase版本v2.0中的内容。利用UCSC基因组浏览器可视化了piRNA基因座、pRNA靶位点(mRNAs和incRNAs)以及与piRNA相关的表观遗传学数据。蓝色方框：主要更新模块；红色框：新模块。
每个piRNA都显示了一个piRBase名称和其他相关信息，如NCBI登录号、生物起源、序列、长度、报告piRNA的论文数量以及支持piRNA的不同方法的数量。
在详细的信息页面中，我们还提供了有关piRNA的附加信息，如别名(NCBI和RNAdb piRNA名称)、与组织和方法相关的数据集、基因组定位、靶标和相关癌症。
在piRBase中，如果一个piRNA序列是另一个piRNA的子序列，则这两个序列都被认为是不同的序列，并被指定为不同的piRBase名称。
正如首次发布的piRBase所描述的那样，所有的piRNA序列都使用Bowtie参数‘-v1-a--最佳层’，以获得每个pRNA的潜在来源。
根据piRNA基因组位点与RefSeq基因的重叠，pRNAs被称为基因或重复相关基因。或重复元素。
数据库内容PiRBase旨在提供完整的piRNA序列数据、注释和目标，以帮助pIRNA的研究。
2014年第一次释放含有9种生物的7700万个pRNA序列。PRBase中的pRNAs根据其在基因组中的基因位点被标记为重复序列和基因相关，这意味着它们参与了相应元素的调控。
此外，还收集了报道的piRNA靶点和相关的表观遗传学数据。有关piRNA基因座、piRNA靶位点、piRNA相关表观遗传数据的信息，以及一些基本的注释，如RepeatMasker注释和RefSeq基因在UCSC基因组浏览器在piRBase发行版v1.0中。
自2014年发布piRBase以来，我们收集了更多与piRNA相关的数据，并在v2.0中发布。
新的piRNA记录
在目前的pRBase中，独特的pRNA序列达到1.73亿个，其中包括来自21个物种的264个数据集。与第一个版本相比，这个版本的数量有了很大的增加和其他与piRNA有关的数据库。
为了评估piRNA在pRBase中的可信度，我们还提供了两个评价分数。一个分数是检测到某些pRNA的论文数量，另一个分数是用于检测序列的不同方法的数量。
这些方法包括蛋白质IP法、蛋白质剪接法、色谱、氧化法和小RNA-Seq法.
结语PiRBase是第一个系统集成各种类型数据以支持piRNA功能分析的数据库。与2014年的第一个版本相比，PiRBase版本V2.0更加全面。独特的pRNAs和物种的总数有所增加。
除了pIRNA目标mRNA外，当前的pRBase还包括靶基因INcRNAs。鉴于pRNAs作为潜在的肿瘤生物标志物，将pRNA和癌症的信息加入到当前的释放过程中。
此外，还在pRBaseUCSC基因组浏览器中添加了更多的piRNA相关表观遗传数据。此外，PiRBaseRelationv2.0增加了新的Web工具，并改进了用户界面。
随着pIRNA研究的迅速扩展，我们将用更多的相关信息更新pRBase，以支持pIRNA功能分析。
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